Da marzo a ottobre la basilica è aperta il sabato e la domenica dalle 10.00 alle 12.30 e dalle 14.00 alle 16.00.
Da novembre a febbraio resta l'apertura domenicale, dalle 10.00 alle 12.30 e dalle 14.00 alle 15.00, mentre per il sabato bisogna prenotare entro il mercoledì precedente.
Dal martedì al venerdì si entra solo su prenotazione e in base alla disponibilità dei volontari, chiamando o scrivendo entro mezzogiorno del giorno prima. Il lunedì è chiuso.
Apre anche il 25 aprile, il lunedì dell'Angelo, il primo maggio, il 15 agosto e il 26 dicembre, e resta invece chiusa a Natale, Capodanno, sabato santo, Pasqua e Ognissanti.
Per il fine settimana la visita guidata si prenota anche online fino alla mezzanotte del giorno prima, scegliendo tra le fasce orarie con posti liberi. I gruppi sopra le venti persone e le scolaresche passano dal telefono o dalla mail. Se il tempo è brutto conviene chiamare prima di partire, perché la visita può saltare.
Le visite sono gratuite e le tengono i volontari dell'Associazione Amici di San Pietro, nata nel 1975 attorno a don Vincenzo Gatti, che ne ha coordinato i restauri per cinquant'anni.
Si può lasciare un'offerta, e il ricavato va al restauro e alla manutenzione. Ci sono anche audioguide in italiano, inglese, tedesco, francese e spagnolo. La messa delle 10.30 è garantita soltanto la prima domenica del mese: per le altre domeniche l'associazione dà comunicazione a metà settimana sui propri canali.
Le regole interne sono poche. Si fotografa senza flash e solo per uso personale: per foto o riprese destinate a una pubblicazione, o fatte con attrezzatura professionale, serve l'autorizzazione del parroco di Civate, e i droni non sono ammessi.
I bastoncini vanno lasciati fuori o infilati nello zaino, perché dentro si passa a pochi centimetri da affreschi e stucchi. I cani stanno sul prato ma non entrano in chiesa. Sul prato non si campeggia e non si accendono fuochi.
Dal 2016 San Pietro al Monte è nella lista propositiva italiana per il patrimonio UNESCO, dentro la candidatura seriale sul paesaggio culturale degli insediamenti benedettini dell'Italia medievale.